Przez długie lata, Młyn znajdujący się nieco na uboczu głównej trasy zwiedzania zamku, popadał w stopniowe zapomnienie.

Pozostawione same sobie urządzenia z czasem straciły swoją pierwotną sprawność i każda próba uruchomienia groziła ich zniszczeniem. Nowy etap w ich dziejach rozpoczął się w 2005 roku, kiedy to zostały włączone do nowo powstałej muzealnej kolekcji Zabytków Techniki. Pod koniec 2011 r. rozpoczęto pierwszą w ich historii całościową konserwację. Przeprowadziła ją firma „Jardi” z Leszna. Zakład ten wybrany został ze względu na bogate doświadczenie w tego typu pracach. Dzięki bardzo dobrej znajomości rzemiosła uratował on m.in. kilkanaście wiatraków w południowej Wielkopolsce.

Prace we Młynie na Zamku Wysokim w Malborku również zostały wykonane z dużą starannością, zgodnie z dokumentacją techniczną, zabytkową sztuką budowlaną i obowiązującymi przepisami. Ze względu na historyczny charakter obiektu, prowadzono je z uwzględnieniem wszelkich zaleceń Muzeum i ze szczególnym zwróceniem uwagi na sposób ich wykonania, tak by nie naruszyć zabytkowych elementów Młyna. Całość robót podlegała nadzorowi pracowni konserwatorskiej Muzeum Zamkowego. Pan Jarosław Jankowski i jego syn Marek, fachowo i rzetelnie wykonali niełatwe zadanie przywrócenia do życia zabytkowego Młyna, który wcześnie nie służył do celów edukacyjno-poznawczych, a teraz będzie miejscem otwartym dla młodzieży szkolnej i ogólnej turystyki.